本學分學程共開設五門課程,分別是:海洋科學與人文、水下文化資產概論、東亞海洋發展史專題、臺灣海洋歷史與文化、臺灣區域史專題。本學程將以Manders及Underwood所編著的《聯合國教科文組織亞太地區水下文化資產保護與管理基礎課程訓練手冊》(Training Manual for the UNESCO Foundation Course on the Protection and Management of Underwater Cultural Heritage in Asia and the Pacific)為藍本,將水下文化資產保護、管理、技術等的相關基本知識適當地融入在學程之各科目當中。另一方面,為適應本土水下文化資產的特性與環境,本學程融入文資局分別於112年及113年與淡江大學合作辦理的「水下探測技術」及「水下文化資產判釋」水下文化資產專業人才培育課程之相關內容,以期達到兼具國際連結並與本土特色的學程目標。
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